Для вирусной респираторной инфекции источником инфекции является человек с выраженными клиническими проявлениями болезни, со стертой формой заболевания, а также бессимптомный носитель. Механизм передачи инфекции — воздушно-капельный, контактный (через игрушки, предметы обихода). Респираторные инфекции могут затрагивать разные части дыхательных путей, включая носовую полость, горло, среднее ухо, носоглотку и другие. Респираторные вирусы могут вызывать как относительно легкие заболевания верхних дыхательных путей, похожие на обычную простуду, так и более серьезные инфекции, включая пневмонию и бронхит.

Ведущее место в этиологии острых респираторных заболеваний занимают вирусы. Основная доля ОРВИ приходится на возбудителей, имеющих тропность к определенным отделам дыхательных путей, к которым относятся, в том числе вирусы гриппа, парагриппа, аденовирусы, риновирусы, коронавирусы, респираторно-синцитиальный вирус, респираторные вирусы, энтеровирусы, а также не так давно открытые метапневмовирусы и бокавирусы. Практически все эти возбудители вызывают заболевания, сопровождающиеся симптомами воспаления слизистой оболочки дыхательных путей и выраженной интоксикацией. Клиническая картина ОРВИ имеет сходные проявления, но некоторые возбудители способны вызывать заболевания с тяжелым течением, с развитием осложнений, а у пациентов из группы риска (дети, пожилые люди, пациенты с иммунодефицитами и на гемодиализе) могут приводить даже к тяжелым осложнения и даже летальному исходу.

Для эффективного дифференцированного противовирусного лечения важна этиологическая диагностика ОРВИ. Достоверное выявление возбудителя возможно исключительно лабораторными методами. Современные исследования, связанные с респираторными вирусами, становятся все более активными на мировом уровне. В настоящее время для диагностики и мониторинга пациентов используются методы, основанные на выращивании вирусов в культуре или иммунологических методах, а также методы, основанные на амплификации вирусных генов и являющиеся более чувствительными. Эти методы применяются для диагностики коронавирусов, аденовирусов, гриппа, парагриппа, метапневмовируса, бокавируса, риновируса, респираторно- синцитиального вируса, а также энтеровирусов, связанных с кишечными инфекциями, в целях диагностики и мониторинга респираторных вирусных инфекций.

В отделяемом дыхательных путей (слизь, мокрота и т. д.), которое используется в качестве исследуемого материала, присутствуют погибшие эпителиальные клетки вместе с вирусными частицами. Принцип метода ПЦР основан на обнаружении в материале специфичных фрагментов генетического материала вируса (РНК или ДНК), его избирательном синтезе с образованием огромного числа копий, что позволяет их легко детектировать, в том числе визуально.