Для вирусной респираторной инфекции источником инфекции является человек с выраженными клиническими проявлениями болезни, со стертой формой заболевания, а также бессимптомный носитель. Механизм передачи инфекции — воздушно-капельный, контактный (через игрушки, предметы обихода).

Ведущее место в этиологии острых респираторных заболеваний занимают вирусы. Основная доля ОРВИ приходится на возбудителей, имеющих тропность к определенным отделам дыхательных путей, к которым относятся, в том числе вирусы гриппа, парагриппа, аденовирусы, риновирусы, коронавирусы, респираторно-синцитиальный вирус, а также не так давно открытые метапневмовирусы и бокавирусы. Практически все эти возбудители вызывают заболевания, сопровождающиеся симптомами воспаления слизистой оболочки дыхательных путей и выраженной интоксикацией.

Коронавирусы - семейство РНК-содержащих вирусов. Распространены повсеместно, пиковый сезон заболеваемости – зима. Клинически инфекция проявляется в основном поражением верхних дыхательных путей, гораздо реже – бронхиолитом и пневмонией. Такие заболевания, как ТОРС (тяжелый острый респираторный синдром, известный как "атипичная пневмония", вспышка которого началась в 2003 году в Китае) и MERS (англ. Middle East respiratory syndrome – ближневосточный респираторный синдром, вспышка в 2015 году в Южной Корее), вызывались ранее неизвестными разновидностями коронавирусов, протекали с развитием тяжелой пневмонии с респираторным дистресс-синдромом. Ученые связывают появление новых типов коронавирусов с их высокой способностью к мутациям.

Риновирусы – РНК-содержащие, распространены повсеместно, с сезонными вспышками весной и осенью. Характерны типичные симптомы простуды, однако, у маленьких детей они могут вызывать бронхиолит, а также обострение течения бронхиальной астмы у детей.

Бокавирус – вирус семейства парвовирусов, открыт в 2005 году. Может вызывать инфекции верхних и нижних отделов респираторного тракта и гастроэнтериты, чаще всего у детей. Для бокавирусной инфекции типична коинфекция с другими возбудителями. Лечение симптоматическое.

Для эффективного дифференцированного противовирусного лечения важна этиологическая диагностика ОРВИ. Достоверное выявление возбудителя возможно исключительно лабораторными методами. Современные исследования, связанные с респираторными вирусами, становятся все более активными на мировом уровне. В настоящее время для диагностики и мониторинга пациентов используются методы, основанные на выращивании вирусов в культуре или иммунологических методах, а также методы, основанные на амплификации вирусных генов и являющиеся более чувствительными. Эти методы применяются для диагностики коронавирусов, риновирусов, бокавирусов в целях диагностики и мониторинга респираторных вирусных инфекций.

В отделяемом дыхательных путей (слизь, мокрота и т. д.), которое используется в качестве исследуемого материала, присутствуют погибшие эпителиальные клетки вместе с вирусными частицами. Принцип метода ПЦР основан на обнаружении в материале специфичных фрагментов генетического материала вируса (РНК или ДНК), его избирательном синтезе с образованием огромного числа копий, что позволяет их легко детектировать, в том числе визуально.