Для вирусной и бактериальной респираторной инфекции источником инфекции является человек с выраженными клиническими проявлениями болезни, со стертой формой заболевания, а также бессимптомный носитель. Механизм передачи инфекции — воздушно-капельный, контактный (через игрушки, предметы обихода). Ведущее место в этиологии острых респираторных заболеваний занимают вирусы, но при сочетанном течении с бактериями, течение инфекции становится более тяжелым, с осложнениями, лечение – сложным, а прогноз – чаще не благоприятным, вплоть до летального исхода.  Пневмония - это одно из наиболее тяжелых заболеваний респираторной системы, которое характеризуется симптомами, сильной, выраженной слабостью, интоксикацией, кашлем и повышенной температура тела. Обязательна рентгенодиагностика!

Для детей, пожилых людей, пациентов с заболеваниями дыхательных путей, на гемодиализе и при иммунодефицитах пневмония - крайне опасное заболевание, с высокой смертностью и множеством осложнений. Важна своевременная диагностика и правильное лечение. Острая пневмонии традиционно подразделяется на две категории в зависимости от возбудителя: внебольничная пневмония (community-acquired pneumonia, CAP) и внутрибольничная (или нозокомиальная) пневмония (nosocomial pneumonia).

Среди общих возбудителей Внебольничной пневмонии можно выделить следующие виды: пневмококк, гемофильная палочка, микоплазма пневмонии, хламидии пневмония, легионелла пневмофила, бордетелла пертуссис.

Для эффективного дифференцированного противовирусного лечения и правильного выбора антибиотика важна этиологическая диагностика респираторных инфекций. Достоверное выявление возбудителя возможно исключительно лабораторными методами.

В отделяемом дыхательных путей (слизь, мокрота и т. д.), которое используется в качестве исследуемого материала, присутствуют погибшие эпителиальные клетки вместе с вирусными и бактериальными частицами. Принцип метода ПЦР основан на обнаружении в материале специфичных фрагментов генетического материала вируса и бактерий (РНК или ДНК), его избирательном синтезе с образованием огромного числа копий, что позволяет их легко детектировать, в том числе визуально.