Для вирусной респираторной инфекции источником инфекции является человек с выраженными клиническими проявлениями болезни, со стертой формой заболевания, а также бессимптомный носитель. Механизм передачи инфекции — воздушно-капельный, контактный (через игрушки, предметы обихода).

Ведущее место в этиологии острых респираторных заболеваний занимают вирусы. Основная доля ОРВИ приходится на возбудителей, имеющих тропность к определенным отделам дыхательных путей, к которым относятся, в том числе вирусы гриппа, парагриппа, аденовирусы, риновирусы, коронавирусы, респираторно-синцитиальный вирус, а также не так давно открытые метапневмовирусы и бокавирусы. Практически все эти возбудители вызывают заболевания, сопровождающиеся симптомами воспаления слизистой оболочки дыхательных путей и выраженной интоксикацией. Клиническая картина ОРВИ имеет сходные проявления, но некоторые возбудители, такие как вирусы парагриппа, респираторно-синцитиальный вирус и аденовирусы, способны вызывать заболевания с тяжелым течением, с развитием осложнений, а у пациентов из группы риска (дети, пожилые люди, пациенты с иммунодефицитами) могут приводить даже к летальному исходу.

Респираторно-синцитиальный вирус (содержит РНК) является частой причиной бронхиолита и пневмонии у детей. У пожилых людей и пациентов с иммунодефицитом заболевание может проявляться тяжело. Приобретенный иммунитет к вирусу неполный. Вирус высоко заразен и устойчив (около часа способен сохранять жизнеспособность на поверхностях, окружающих больного).

Грипп — это ОРВИ, провоцируемая РНК-содержащими вирусами гриппа А, В и С. Характерны: сезонность, высокая изменчивость, что приводит к вспышкам эпидемий и не позволяет создать достаточный коллективный иммунитет. Выражены сильная общая интоксикация, высокая температура тела, катаральные явления.

Для эффективного дифференцированного противовирусного лечения важна этиологическая диагностика ОРВИ. Достоверное выявление возбудителя возможно исключительно лабораторными методами. Современные исследования, связанные с респираторными вирусами, становятся все более активными на мировом уровне. В настоящее время для диагностики и мониторинга пациентов используются методы, основанные на выращивании вирусов в культуре или иммунологических методах, а также методы, основанные на амплификации вирусных генов и являющиеся более чувствительными. Эти методы применяются для диагностики гриппа, респираторного синцитиального вируса.

В отделяемом дыхательных путей (слизь, мокрота и т. д.), которое используется в качестве исследуемого материала, присутствуют погибшие эпителиальные клетки вместе с вирусными частицами. Принцип метода ПЦР основан на обнаружении в материале специфичных фрагментов генетического материала вируса (РНК или ДНК), его избирательном синтезе с образованием огромного числа копий, что позволяет их легко детектировать, в том числе визуально.