Особенностью микроскопического исследования отделяемого из коньюнктивы являются прежде всего: малое количество материала, трудности при его заборе, а также наличие, так называемой, «своей» инфекции для каждой структуры глаза, которая может оставить заметный след на ней. Наиболее частыми инфекциями, характерными для глаз, являются воспаление век или блефарит, воспаление слизистой оболочки или конъюнктивит, воспаление роговой оболочки или кератит, воспаление внутренних оболочек глазного яблока или эндофтальмит. Веки глаз и слизистой оболочка покрыты нормальной микрофлорой кожи и желез, к ней относятся коагулазонегативные стафилококки (KONS), стрептококки группы Viridans, коринобактерии, пропионбактерии.