Дисбактериозды диагностикалау үшін ішектің қалыпты және шартты патогендік флорасының сапалық және сандық құрамын анықтауға, сондай-ақ дизентерия, сальмонеллез, эшерихиоз, іш сүзегін тудыратын патогенді микроорганизмдерді анықтауға мүмкіндік беретін нәжісті микробиологиялық зерттеуі қолданылады. Шартты-патогенді микроорганизмдер жоғары титрде немесе патогенді микроорганизмдерде анықталған кезде олардың антибиотиктерге сезімталдығы анықталады.