Проводятся исследования любого материала, отчуждённого у пациентов с различными патологическими процессами: бронхобиопсии, гастробиопсии, колонобиопсии, биопсии ЛОР-органов и другие биопсии различных органов и тканей, взятые инвазивными и эндоскопическими методами.

При диагностических биопсиях даётся микроскопическое описание и нозологическое заключение. В ясных и банальных случаях микроскопическое описание не даётся или ограничивается минимально, заключение ограничивается гистологическим диагнозом.

Гистологический диагноз может быть описательным в тех случаях, когда морфологические изменения не специфичны и не свидетельствуют в пользу какого-либо заболевания или когда недостаточно представляется клиницистами клиническая картина конкретного пациента.