Для диагностики дисбактериоза используют микробиологическое исследование кала, позволяющее определить качественный и количественный состав нормальной и условно-патогенной флоры кишечника, а также выявить патогенные микроорганизмы, вызывающие дизентерию, сальмонеллёз, эшерихиоз, брюшной тиф. При обнаружении условно-патогенных микроорганизмов в высоком титре или патогенных микроорганизмов определяется их чувствительность к антибиотикам.