Антитела к HBeAg в организме свидетельствуют о прекращении размножения вируса в организме. Выявление HBeAg указывает на активное размножение вируса в организме и высокую инфекционность (заразность) его носителя. При благоприятном течении заболевания к концу 9-й недели после инфицирования эти антитела можно обнаружить у 90% больных и свидетельствуют о завершении острого периода болезни. Во время выздоровления эти антитела могут исчезать.

Тем не менее, обнаружение анти-HBe не всегда является показателем отсутствия инфекционности данной конкретной сыворотки.

Иногда возможно появление мутантной, дефектной HBeAg-отрицательной формы вируса, т. е. вирус данный антиген вырабатывать не способен.